Pusat Rehabilitasi YAKKUM didirikan pada 16 November 1982 dengan nama Proyek Rehabilitasi Bethesda atas prakarsa Colin McLennan dari Selandia Baru, sebagai respons terhadap kebutuhan rehabilitasi penyandang disabilitas fisik di Indonesia. Pendirian lembaga ini mendapat persetujuan Sidang Dewan Gereja Indonesia dan didukung oleh Persekutuan Gereja Presbyterian dan Methodist di Selandia Baru. Pada awalnya, implementasi pelayanan diampu oleh Rumah Sakit Bethesda, hingga pada tahun 1991 secara resmi berkembang menjadi Pusat Rehabilitasi YAKKUM.
Pada fase awal pelayanan, Pusat Rehabilitasi YAKKUM berfokus pada rehabilitasi fisik bagi anak dan remaja penyandang disabilitas melalui layanan medis, fisioterapi, pendidikan, penyediaan alat bantu, serta pelatihan keterampilan untuk mendukung kemandirian fisik dan ekonomi. Seiring waktu, layanan berkembang dengan pendekatan terapi okupasi dan dukungan psikososial sebagai jawaban atas kebutuhan penyandang disabilitas yang semakin kompleks.
Sejak tahun 2007, Pusat Rehabilitasi YAKKUM memperkuat pendekatan Rehabilitasi Bersumberdaya Masyarakat dengan membawa pelayanan langsung ke komunitas, mendorong peran aktif masyarakat dalam menciptakan lingkungan yang inklusif dan berkelanjutan. Pengembangan program penghidupan serta Program Pengurangan Risiko Bencana Inklusif sejak tahun 2011 menegaskan komitmen Pusat Rehabilitasi YAKKUM untuk memberdayakan penyandang disabilitas sebagai subjek pembangunan dan bagian utuh dari kehidupan bermasyarakat.
